Depuis le 1er mars 2025, une nouvelle loi modifie les règles d’indemnisation des arrêts maladie dans la fonction publique. Fonctionnaires titulaires et agents contractuels sont concernés par cette réforme, qui vient réduire le niveau de rémunération versé pendant un congé de maladie ordinaire. Voici ce qui change concrètement et pourquoi cette évolution suscite autant de débats.
Pourquoi une nouvelle loi sur les arrêts maladie des fonctionnaires en 2025 ?
Cette réforme s’inscrit dans une volonté de rapprocher le régime des fonctionnaires de celui du secteur privé, où l’indemnisation des arrêts de travail est déjà moins avantageuse, dans un contexte de nouvelles mesures de fiscalité et de prélèvements sociaux en 2025. Le gouvernement invoque la hausse continue des dépenses liées aux arrêts maladie dans les trois versants de la fonction publique, un poste budgétaire jugé difficile à maîtriser depuis plusieurs années.
Les employeurs publics, confrontés à une progression du nombre de jours d’arrêt, ont plaidé pour un alignement partiel avec les règles applicables aux salariés du secteur privé. Les syndicats, de leur côté, dénoncent une mesure punitive qui pénalise des agents déjà soumis à des conditions de travail parfois dégradées, notamment dans le secteur hospitalier.
Baisse de l’indemnisation des arrêts maladie dans la fonction publique (1er mars 2025)
Le changement principal porte sur le taux de rémunération en arrêt maladie, un élément clé du dossier plus large des évolutions du système de retraite et des droits sociaux des agents publics. Depuis le 1er mars 2025, l’article 189 de la loi de finances ramène l’indemnisation du congé de maladie ordinaire à 90 % du traitement brut pendant les trois premiers mois, contre 100 % auparavant. Cette baisse de salaire s’applique automatiquement, sans démarche particulière de la part de l’agent.
Ce que dit la loi de finances 2025
L’article 189 fixe la nouvelle règle : 90 % du traitement brut pendant les trois premiers mois de congé de maladie ordinaire, avant un éventuel passage au demi-traitement selon la durée de l’arrêt. Cette disposition s’applique aux trois versants de la fonction publique.
Fonctionnaires titulaires : quelle rémunération en arrêt maladie ?
Pour les fonctionnaires titulaires, le congé de maladie ordinaire reste plafonné à douze mois sur une période de référence. La nouveauté concerne le niveau de rémunération pendant les trois premiers mois, désormais fixé à 90 % du traitement brut au lieu du plein traitement intégral. Au-delà de cette période, les règles de demi-traitement continuent de s’appliquer selon les mêmes modalités qu’auparavant, avec un passage progressif vers une indemnisation réduite si l’arrêt se prolonge.
Le jour de carence, déjà en vigueur depuis 2018, reste également applicable et vient s’ajouter à cette baisse. Concrètement, un agent en arrêt maladie perd donc à la fois une journée de salaire au titre du délai de carence et une partie de son traitement pendant les mois suivants.
Agents contractuels : quelles spécificités ?
Les agents contractuels de la fonction publique territoriale, hospitalière ou d’État sont eux aussi concernés par cette réforme, mais leurs droits diffèrent légèrement de ceux des titulaires. Leur indemnisation dépend de leur ancienneté et suit un barème progressif, calqué en partie sur celui du secteur privé, avec intervention des indemnités journalières de la sécurité sociale en complément d’un éventuel maintien de salaire par l’employeur.
Pour ces agents, la baisse du taux de rémunération touche essentiellement la part complémentaire versée par l’employeur public, tandis que les indemnités journalières restent calculées selon les règles générales de la sécurité sociale. Cette double mécanique rend parfois le calcul plus complexe que pour les titulaires.
| Situation | Avant mars 2025 | Depuis mars 2025 |
|---|---|---|
| Titulaire, 3 premiers mois | 100 % du traitement | 90 % du traitement brut |
| Titulaire, au-delà | Demi-traitement | Demi-traitement (inchangé) |
| Contractuel | Indemnités journalières + complément employeur | Complément employeur réduit |
Nouveau formulaire d’arrêt de travail obligatoire (septembre 2025)
À partir de septembre 2025, un nouveau formulaire d’arrêt de travail devient obligatoire pour tous les agents publics, qu’ils soient titulaires ou contractuels. Ce document, sécurisé pour limiter les fraudes, doit être transmis par voie électronique dans un délai resserré. L’objectif affiché est de renforcer les contrôles et de fiabiliser les données transmises aux employeurs publics.
Ce changement de procédure accompagne la baisse d’indemnisation et s’inscrit dans une logique de suivi plus strict des congés de maladie. Les administrations disposeront ainsi d’un outil harmonisé pour vérifier la conformité des arrêts délivrés, y compris en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, situations qui restent traitées selon des règles distinctes du congé de maladie ordinaire.
Réformes à venir : plafonnement des arrêts et obligation de justification
Le chantier engagé en 2025 ne s’arrête pas là. Le gouvernement envisage, à horizon 2026, un plafonnement des arrêts prescrits en téléconsultation ainsi qu’une obligation pour les médecins de motiver par écrit les arrêts dépassant une certaine durée. Cette mesure vise à limiter les prescriptions jugées trop systématiques et à responsabiliser davantage les prescripteurs.
Une réflexion est également en cours sur l’harmonisation du délai de carence entre secteur public et secteur privé, ainsi que sur la durée d’indemnisation maximale des arrêts longs. Ces pistes, encore discutées avec les syndicats, pourraient faire l’objet de nouveaux textes dans les prochains projets de loi de financement de la sécurité sociale.
Impact de la réforme sur les fonctionnaires : ce qu’il faut savoir
Pour un agent public en congé de maladie ordinaire, la perte de rémunération se traduit concrètement par une diminution de 10 % du traitement brut pendant les trois premiers mois, en plus du jour de carence déjà appliqué. Sur une longue période d’arrêt, cet effet cumulé peut représenter une perte financière non négligeable, en particulier pour les agents aux revenus les plus modestes.
Les congés payés acquis pendant l’arrêt maladie restent en revanche protégés selon les règles habituelles, sans changement lié à cette réforme. Les employeurs publics sont invités à informer clairement leurs agents sur ces nouvelles modalités, notamment lors de la prise d’un congé de maladie ordinaire, afin d’éviter toute incompréhension au moment du versement du traitement.
Cette réforme illustre une tendance de fond : la recherche d’un équilibre budgétaire pour les dépenses de sécurité sociale liées aux arrêts maladie, quitte à réduire la protection sociale offerte aux agents publics. Reste à voir comment les prochaines étapes de cette réforme, notamment sur le plafonnement des arrêts, seront concrètement mises en œuvre.